مراسم غسل و کفن آن مرحوم نیز از سوی حاج حسین عرفاتی که حضرت امام (ره) را غسل داده بود به همراه جمعه‌ای و کاظمیان از محافظین قدیمی ایشان و امیر امیدیان، محمدتیموری، علی اژدری و علی منایی ازاهالی شمیران که همیشه با حاج حسین عرفاتی همراه هستند در حیاط منزل امام راحل با مداحی حاج آقا کماسایی که وی نیز از محافظین سابق ایشان بود، با حضور فرزندان نوه‌ها و یادگار امام آیت الله سید حسن خمینی ومحافظین ایشان، باریکانی، اسدی و امانی انجام شد. 
 
چهره آیت الله هاشمی رفسنجانی، بشاش و خندان و آرام بود، گویی در خواب است و همه در انتظار بلند شدن او بودند و زیارت عاشورا در حیاط منزل حضرت امام خمینی (ره) قرائت شد. 
 
در طول مراسم، محسن و مهدی و یاسر هاشمی به شدت بی‌تابی می‌کردند. 
 
بعد از مراسم غسل و کفن آن مرحوم، وصی ایشان «محسن» اجازه ورود خانم‌ها را داد که عده‌ای از آن‌ها از جمله فاطمه خانم از شدت بی تابی از هوش رفتند. 
 
روز تدفین نیز ابتدا محسن و مهدی هاشمی وارد قبر شدند و قرآن و دعا خواندند و پس از آن، پیکر مطهر آن مرحوم توسط لاهوتی داماد آیت الله هاشمی، ناصر هاشمی برادرزاده آیت الله و محمد جمعه‌ای از محافظین سابق آیت الله هاشمی رفسنجانی در قبر قرار داده شد و توفیق آخرین بوسه بر پیشانی مرحوم آیت الله با جمعه‌ای بود. 
 
به هنگام دفن، انگشتر عقیق زرد رنگی که سردار قاسم سلیمانی از کربلا آورده بود و شب قبل از دفن به خانم عفت مرعشی، همسر مرحوم آیت الله داده بود بر پیشانی آن مرحوم قرار داده شد. 
 
عماد و علی فرزندان محسن و داماد یاسر وعلی فرزند فاطمه وفرجی، شمس الله عبدوست و کماسایی قبر را پر از خاک کنند و جالب اینکه دو شب قبل از تدفین، سردار سلیمانی با حالتی محزون و ناراحت در منزل مرحوم آیت الله رفت وآمد داشت. 
 
در مراسم تدفین علاوه بر خانواده و نزدیکان و محافظان سابق و فعلی آیت الله -که بنا به دلایل امنیتی از ذکر نام محافظین فعلی معذوریم- از جمله اقبالی پور، سعیدیان، افشاری، سلیمانی، باریکانی، اسدی از اعضای دفتر وتعدادی از اعضای هیات دولت و آقایان علی عسگری و وحید حقانیان نیز حضور داشتند.